Das Lapidarium (von Lateinisch Lapis – Stein) befindet sich im barocken Kellergewölbe der klösterlichen Stiftskirche. Die hier gezeigten mittelalterlichen Architekturplastiken sind karolingische und ottonische Werkstücke aus dem 9. und 10. Jahrhundert. Diese glanzvollen und monumentalen Kapitelle und Kämpfer sind einzigartige Zeitzeugen. Die ausgestellten Spolien stammen aus dem 15. bis 17. Jahrhundert.

Klosterplan aus dem Jahre 819
In den 1960er Jahren wurden vor Ort Grabungen unternommen, die das Verständnis der Architektur der mittelalterlichen Klosteranlage vertieft haben. Der in der Stiftsbibliothek ausgestellte Klosterplan aus dem Jahre 819, kann nun anhand des Modells, welches aufgrund der archäologischen Erkenntnisse erstellt worden ist, verglichen werden.

Von Gallus bis in die Neuzeit
Ebenfalls im Lapidarium wird auf Stellwänden und Vitrinen die Kulturgeschichte der Abtei St. Gallen dokumentiert. Angefangen beim irischen Mönch Gallus (7. Jahrhundert), über die blühende Wissenschaft im Mittelalter bis in die Neuzeit, wird die Klostergeschichte in Bildern und Texten dargestellt.